Em Rogue Ops o jogador assume o papel de Nikki Connors, um Boina Verde, cujo ex-marido e filho são mortos por Omega 19, uma organização terrorista brutal. Ela, então, junta-se Phoenix, uma organização anti-terrorista quase tão brutal em busca de vingança. 

Esforços de marketing mínimas do jogo tratou principalmente com a aparência atraente de sua heroína gerada por computador. Em comparação desfavorável ao Metal Gear mais estabelecido e série Splinter Cell, Rogue Ops foi amplamente criticado pelos críticos e não se saiu bem comercialmente.